Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) di Institut Agama Islam Yasni Muara Bungo telah terakreditasi dengan peringkat Baik Sekali (B) oleh BAN-PT No: 1395/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2021. Adapun prospek kerja lulusan prodi ini adalah;
1), menjadi Guru Pendidikan Agama Islam di sekolah dan madrasah untuk semua jenjang Pendidikan (SD, MI, SMP, MTs,SMA, MA,SMK),
2), Edupreneur (Wirausaha di bidang pendidikan) dengan membangun berbagai bentuk lembaga pendidikan, dan
3), bekerja di instansi lain yang tidak mensyaratkan latar belakang Pendidikan tertentu baik pemerintah maupun swasta.
Prodi ini sudah dilengkapi dengan fasilitas memadai, ruang kelas ber-AC, fasilitas teknologi informasi, laboratorium microteaching, laboratorium bahasa, laboratorium komputer, dan perpustakaan untuk menunjang pembelajaran serta didukung oleh dosen atau pengajar yang kompeten.
Prodi Pendidikan Agama Islam di IAI Yasni Muara Bungo, selain melaksanakan pendidikan dan pengajaran, juga melakukan penelitian di bidang pendidikan agama Islam, pengabdian kepada masyarakat dan bekerja sama dengan berbagai pihak dalam rangka mewujudkan pendidikan agama Islam yang lebih berkualitas, dinamis dan akuntabel. Dalam proses pembelajarannya, Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) IAI Yasni Muara Bungo tidak hanya memanfaatkan toknologi pembelajaran konvensional tetapi juga dengan teknologi digital. Di samping itu, pembelajaran PAI diajarkan secara tekstual maupun kontekstual.
Mata Kuliah yang dipelajari di ProdiPendidikan Agama Islam (PAI) IAI Yasni Muara Bungo diantaranya adalah: Sejarah Pendidikan Agama Islam, Perencanaan Sistem Pendidikan Agama Islam, Metode Pendidikan Agama Islam, Pengembangan Kurikulum, Psikologi, Sistem Evaluasi Pendidikan, Filsafat Pendidikan Islam, Strategi Belajar Mengajar, Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, dan masih banyak lagi.